El IFISUR tiene como misión principal organizar y desarrollar actividades de investigación en Física Básica y Aplicada. Sus fines esenciales son:
- Fomentar el desarrollo de tareas de investigación científica en el campo de la Física, con una orientación altamente aplicada y destacándose la participación interdisciplinaria.
- Promover la formación de recursos humanos para la investigación científico- tecnológica, tanto en Física como en áreas afines.
- Promover la transferencia tecnológica y la asistencia técnica al medio.
Para su cumplimiento se procura desarrollar, entre otras, las siguientes tareas:
- Planificar, organizar y desarrollar programas específicos de investigación científica y tecnológica.
- Promover el desarrollo e implementación de nuevos posgrados.
- Establecer vínculos de cooperación con instituciones nacionales y extranjeras abocadas a tareas de investigación en áreas afines.
- Coordinar y organizar el desarrollo de tareas de extensión con el objeto de transferir tecnología y ofrecer asistencia técnica al medio.
- Difundir los resultados de sus actividades por los medios que considere convenientes.